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"L'Apologia de' teologi scolastici", scritto durante i dodici anni di detenzione a causa dei dissidi con le autorità ecclesiastiche, si presenta come un'analisi sull'incapacità del cristianesimo di adattarsi alla vita civile. Non a caso tale opera era preceduta dai "Discorsi sulle deche di Tito Livio", che sottolineava come invece i Romani avessero una religione del tutto compatibile con lo sviluppo della vita civile. Nell'Apologia Giannone cerca di dimostrare che gli errori della teologia scolastica erano solo conseguenze delle precedenti invenzioni e fraintendimenti dei Santi Padri, senza salvare in questa disamina né Agostino né Gerolamo.